まなびーあ徳島の事務局及びキャンパスは、自治研修センターと総合教育センターに設置しています。

まなびーあ徳島の頭脳部分として、 「とくしま政策研究センター」を自治研修センターに設置し、キャリアアップ支援のための医療専門養成コース及び産業人材養成コース、並びに8つの学部を設置しています。

また、南部校、西部校を南部総合県民局、西部総合県民局にそれぞれ設置しています。